《物权法》第143条规定：“建设用地使用权人有权将建设用地使用权转让、互换、出资、赠与或者抵押，但法律另有规定的除外。”第180条第1款规定，债务人或者第三人有权处分的建设用地使用权可以抵押。所谓“法律另有规定的除外”是指，依据我国《城市房地产管理法》第40条的规定，以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当按照国务院规定，报有批准权的人民政府审批。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金。以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产报批时，有批准权的人民政府按照国务院规定决定可以不办理土地使用权出让手续的，转让方应当按照国务院规定将转让房地产所获收益中的土地收益上缴国家或者作其他处理。此外，《城市房地产管理法》第51条规定：“设定房地产抵押权的土地使用权是以划拨方式取得的，依法拍卖该房地产后，应当从拍卖所得的价款中缴纳相当于应缴纳的土地使用权出让金的款额后，抵押权人方可优先受偿。”此外，依据《最高人民法院关于转发国土资源部<关于国有划拨土地使用权抵押登记有关问题的通知>的通知》规定：“以国有划拨土地使用权为标的物设定抵押，土地行政管理部门依法办理抵押登记手续，即视同已经具有审批权限的土地行政管理部门批准，不必再另行办理土地使用权抵押的审批手续。”
就在建工程抵押而言，可能涉及的一个问题就是，房地产开发企业先以其建设用地使用权设定了抵押权，并在土地登记部门办理土地使用权抵押权设立登记，然后又以在建工程设定抵押权。这时房屋登记机构是否能够为其办理在建工程抵押权设立登记?我们认为，从我国法律来看，是可以办理的。首先，《物权法》并不禁止重复抵押。而且废止了《担保法》禁止超额抵押的规定，因此即便土地使用权抵押后又办理在建工程抵押，超过了抵押财产的价值，在建工程抵押也是有效的。其次，《物权法》第200条规定：“建设用地使用权抵押后，该土地上新增的建筑物不属于抵押财产。该建设用地使用权实现抵押权时，应当将该土地上新增的建筑物与建设用地使用权一并处分，但新增建筑物所得的价款，抵押权人无权优先受偿。”因此，土地使用权抵押给债权人A之后，又以在建工程抵押给债权人B的，抵押人在办理在建工程抵押时，除需要在土地登记部门为债权人B办理第二顺位的土地使用权抵押权的设定登记之外，还需要在房屋登记机构为债权人B办理第一顺位的在建工程抵押权设立登记。当债务人无法履行债务或者发生当事人约定的实现抵押权的事由时，应当将土地使用权与在建工程一并拍卖，就土地使用权卖得的价款，债权人A首先受偿，剩余部分由债权人B受偿。但是，就在建工程拍卖所得的价款，则只有债权人B能够优先受偿。
在我国一些省市，政府对土地登记和房屋登记的分工有明确规定，即单纯的土地使用权抵押权，其上没有建筑物或构筑物的，在土地部门登记；而一旦土地上存在建筑物，无论是在建工程还是已建成的房屋，抵押权一律在房屋登记部门办理。这种情况下，土地使用权抵押后，抵押人如果想将此后新增的在建工程抵押，就要先在土地登记部门注销土地使用权抵押，然后在房屋登记部门办理在建工程抵押。这种做法可能给抵押权人带来一定的风险，即土地使用权抵押权注销后，在建工程抵押权的登记尚未办理完毕，则土地使用权和在建工程都被法院查封。因此，我们认为不应采取这一做法。
根据物权法180条规定，下列有处分权的财产可以抵押：（二）建筑用地使用权；（五）正在建造的建筑物....。可见法律是把土地使用权和正在建造的建筑物作为两个抵押客体对待的。所以，在土地抵押后，经抵押权人同意，在建工程可以设定抵押的。但是，物权法182条规定：“以建筑物抵押的，该建筑物占用范围内的建设用地使用权一并抵押。以建设用地使用权抵押的，该土地上的建筑物一并抵押。抵押人未照前款规定一并抵押的，未抵押的财产视为一并抵押。”可见，虽然是两个抵押，当抵押权设立后，由于该条法律规定和房地主体一致原则，两次抵押都作为房地一并抵押对待了。实现抵押权时，一并拍卖。两次的抵押按照登记的顺位进行受偿。