2006年9月6日，上海新吕服饰有限公司(以下简称新吕公司)出具同意退还位于涉案土地给政府的承诺。2006年8月21日，帝刚公司与上海振吕企业发展有限公司签订《土地批租协议》，帝刚公司受让原属新吕公司16.73亩的土地使用权，从事生产经营或投资兴办实业。2007年8月24日，上海吕巷工业开发总公司出具关于上海帝刚工具制造有限公司项目基建事宜的情况说明，表明已收到帝刚公司的土地款，为推进新项目开工建设，以原新吕公司的名义开工建设，完成基建总工程量25%后，协助帝刚公司办理具体在建项目交易手续。2011年4月12日，帝刚公司、然超公司签订了《协议书》，约定：土地使用权转让费5,688,200元(人民币，下同)，然超公司分期支付土地转让费，最后一期费用应当于然超公司取得土地使用权证后支付等等。当时，帝刚公司、然超公司及上海周陆企业管理咨询服务有限公司(以下简称周陆公司)三方签订《办证税费约定书》，约定：以大包干形式，相关办证税费初步约定1,748,400元，包括但不限于办理土地过户手续过程中发生的营业税、土地增值税、土地过户税、教育附加税、河道建设税等税费，一直到将上海市房地产权证过户到然超公司名下止;上述办证税费不包括该土地上的建筑、房产证等税费;然超公司按7,100,000元委托周陆公司办理土地证(包括土地转让费及办证中的税费及一切其他费用)等等。2011年5月11日，上述三方签订《关于办证税费约定书的补充协议》，约定：办证税费仅指帝刚公司转让给然超公司土地在转让过程中所产生的各项税费及办证等费用，不包括该地块上建筑物因审计评估、税费等所产生的一切税费，建筑物由此产生的一切税费由然超公司承担;土地办证办税过程中所有评估、审计等均由帝刚公司出面聘请;帝刚公司、然超公司再次确认土地转让总额为7,100,000元(不包括建筑物)，然超公司未按约定支付剩余的2,494,100元，按2011年4月12日签订的《协议书》承担违约责任;本协议与以前双方或中介方(三方)共同签署的协议书或约定书有冲突的，以本协议为准等等。
2011年12月，涉案土地上的建筑物开始施工(由然超公司出资建造)，2012年4月完成25.94%的工程量。2012年5月，以新吕公司名义委托上海申价房地产评估有限公司对涉案土地进行评估，评估价为3,617,700元;2012年6月，又委托上海东华建设造价咨询有限公司对在建工程进行审价，造价为3,501,790元，工程总价款为7,119,490元。
2012年8月15日，然超公司法定代表人朱跃承诺收到土地证后支付余款;因涉案土地使用权仍登记在新吕公司名下，2012年8月15日，帝刚公司以新吕公司的名义与然超公司签订了《在建工程转让合同》，合同标的为金山区朱吕公路6339号在建工程，包括该在建工程已经完成的工程量的所有权及所涉土地的使用权，工程总价款为7,119,490元。2012年8月30日，然超公司法定代表人朱跃出具收条，确认收到沪房金字2012第007536号房地产权证。
2013年12月，帝刚公司起诉至原审法院，要求判令然超公司支付其剩余款项人民币569,678.40元。
原审诉讼中，然超公司主张已经实际支付帝刚公司7,067,146.19元，帝刚公司认为，7,067,146.19元中的印花税3,559.75元重复计算，应予扣除;土地评估费35,000元实际由帝刚公司支付，协议约定应由然超公司承担，应予扣除;此外，根据协议约定办证税费不包括该土地上的建筑、房产证等税费，如地上建筑物评估费25,000元、房屋测绘费13,542.44元等共计498,264.84元，该税费应由然超公司承担，也应予扣除。综上，然超公司应支付给帝刚公司的款项为7,100,000-(7,067,146.19元-3559.75元-35,000元-498,264.84元)=569,678.40元。
原审认为，涉案土地的权利人尽管登记在新吕公司名下，但新吕公司事实上已将涉案土地退还吕巷镇人民政府，吕巷镇人民政府又以上海振吕企业发展有限公司的名义将涉案土地重新转让给帝刚公司，帝刚公司是事实上的权利人，帝刚公司主体适格。
帝刚公司、然超公司约定，涉案土地及地上建筑物帝刚公司以总价710万元的价格转让给然超公司(事实上仅仅是土地转让价格)，现然超公司已取得房地产证，然超公司应当足额支付转让款。然超公司总计支付费用7,067,146.19元，但该款项中印花税3,559.75元然超公司重复计算，应予扣除;另还包括土地评估费35,000元、地上建筑物评估费25,000元、房屋测绘费13,542.44元，根据协议约定，办证税费仅指帝刚公司转让给然超公司土地在转让过程中所产生的各项税费及办证等费用，不包括该地块上建筑物因审计评估、税费等所产生的一切税费，建筑物由此产生的一切税费也由然超公司承担，故土地评估费35,000元、地上建筑物评估费25,000元、房屋测绘费13,542.44元也应当在7,067,146.19元中予以扣除;营业税及附加税和契税等是根据交易金额计算征收，可以按各自的交易价格进行负担，帝刚公司要求然超公司承担该税费符合双方签订协议时的真实意思表示，故本案建筑物按交易价格应缴营业税等共计296,951.79元也应予扣除;而土地增值税和企业所得税与增值额有关，不能完全按照交易金额来区分，现帝刚公司没有确凿证据证明其计算方法，故帝刚公司要求对该两项税金也应分摊的主张，法院不予采信。综上，然超公司实际已经支付6,693,092.21元，尚应支付帝刚公司406,907.79元。
原审法院审理后于2014年6月26日作出判决：一、被告上海然超实业有限公司应于判决生效之日起十日内支付原告上海帝刚工具制造有限公司人民币406,907.79元;二、驳回原告上海帝刚工具制造有限公司的其他诉讼请求。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案案件受理费9,496.80元，由原告负担2,713.80元，被告负担6,783元。
本案中，然超公司与帝刚公司及上海周陆企业管理咨询服务有限公司签订的《办证税费约定书》、《关于办证税费约定书的补充协议》系相关各方的真实意思表示，双方均应恪守履行。根据上述协议的约定，双方确认土地转让总额为7,100,000元，包括土地转让费及办证中的税费及一切其他费用，但不包括涉案土地上建筑物因审计评估、税费等会产生的一切税费，即建筑物由此产生的一切税费均由然超公司承担。现然超公司已取得房地产证，其理应支付转让款及相应税费。鉴于然超公司已支付帝刚公司7,067,146.19元，故本案的争议焦点在于双方争议的土地评估费、地上建筑物评估费等费用是否应当在7,067,146.19元中扣除，然超公司尚欠被上诉人的费用的具体金额。对此，法院认为，关于土地评估费35,000元，然超公司主张实际由其支付，但相关的支付凭证原件即中国农业银行个人结算业务申请书由帝刚公司持有，然超公司对此未能作出合理解释，故本院认定土地评估费实际由帝刚公司支付，又鉴于该费用的付款义务人为然超公司，故然超公司理应支付，其金额应当从7,067,146.19元中予以扣除。关于地上建筑物评估费25,000元、房屋测绘费13,542.44元，其属于建筑物由此产生的税费，根据双方当事人的约定，不包括在土地转让总额7,100,000元中，而应由上诉人另行承担，故上述两项费用亦应当从7,067,146.19元中予以扣除。关于本案建筑物按交易价格应缴营业税等共计296,951.79元，该税费根据交易金额计算征收，可以按各自交易价格进行负担，且由然超公司承担符合双方约定，原审据此认定营业税等共计296,951.79元应从7,067,146.19元中予以扣除，并无不当，法院予以确认。